Antoine Flahault est médecin, docteur en biomathématiques. Il a été nommé professeur titulaire de santé publique en 2002. Il a été le directeur fondateur de l'École des hautes études en santé publique (EHESP, Rennes, 2007-2012). En janvier 2014, il a été nommé professeur ordinaire de santé publique à la Faculté de médecine de l'Université de Genève, où il est le directeur fondateur de l'Institut de santé globale. Il a été élu doyen de la Swiss School of Public Health à Zürich jusqu'en 2023. Il a été président de l'Association of Schools of Public Health in the European Region (ASPHER), codirecteur de l'European Academic Global Health Alliance (EAGHA) et président de l'Agency for Public Health Education Accreditation (APHEA).
Il a mené des recherches sur la modélisation mathématique des maladies transmissibles, présidé le centre collaboratif de l'OMS pour la surveillance électronique des maladies et coordonné des recherches sur le chikungunya dans l'océan Indien (prix Inserm, 2006 ; il a été commissaire scientifique d'une grande exposition intitulée Epidemik, la Cité des sciences et de l'industrie (Paris, Rio et Sao Paulo)). Il est membre de l'Académie suisse des sciences médicales (Berne) et membre correspondant de l'Académie nationale de médecine (Paris). En novembre 2023, il avait plus de 400 publications scientifiques référencées dans le Web of Science.
