Les travaux d’Anne Trémier ont d'abord porté sur le procédé de compostage et concernent aujourd'hui plus largement la compréhension, la conception et l'optimisation technique et environnementale des filières de valorisation des déchets organiques. Ses projets traitent notamment de la gestion et la valorisation des biodéchets urbains. Elle a ainsi pu développer une solide expertise sur l'intégration du compostage domestique ou de proximité en tant que solution pour la gestion des biodéchets urbains et a coordonné de 2016 à fin 2021 le projet européen DECISIVE (H2020 n ° 689229), qui visait à établir un système circulaire favorisant la gestion locale des biodéchets en lien avec l’agriculture urbaine, en vue de la production d'énergie et de bioproduits, pour leur consommation locale.
