Après l'obtention de sa thèse à l’Université Pierre et Marie Curie à Paris, Béatrice Clouet-d'Orval a effectué un post-doctorant de six ans aux États-Unis et intégré en 1994 le CNRS en tant que chercheuse. En 2000, elle rejoint l’Université de Toulouse où elle est actuellement directrice de recherche au Centre de Biologie intégrative dans l’unité de Biologie Moléculaire, Cellulaire et du Développement (MCD, UMR 5077). Elle y dirige l’équipe de recherche « RNARCHAEA ». Au cours de sa carrière au CNRS, elle a initié et développé un axe de recherche pionnier et innovant pour décrypter les mécanismes moléculaires régissant la biologie de l'ARN chez les Archées, le troisième domaine du vivant.