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Les recherches de Christophe Diagne concernent les relations entre biodiversité et changements globaux. Il a initié ses recherches sur l’écologie évolutive contemporaine des interactions hôtes-parasites dans les communautés de petits mammifères de socio-écosystèmes en mutation. Dans le cadre de ses travaux actuels, Christophe Diagne s'intéresse aux implications écologiques, sanitaires et socio-économiques des invasions biologiques à diverses échelles. Il développe également une démarche intégrative intégrant des savoirs interdisciplinaires (écologie, sciences sociales, modélisation informatique).