Membre du Conseil scientifique de la Chaire Edgar Morin de la Complexité à l'ESSEC, membre associé de la Chaire sur l'Altérité à la Fondation Maison des Sciences de l'Homme (FMSH) à Paris, François L'Yvonnet se partage entre enseignement, écriture et édition. Auteur d'ouvrages sur Simone Weil, Jean Baudrillard, Ernst Jünger ou plus récemment François Julien, il a aussi publié des livres d'entretiens avec Jean-Pierre Changeux, André Comte-Sponville, Jean Baudrillard, ainsi qu'avec l'ingénieur philosophe Thierry Gaudin (L'Avenir de l'Esprit, Albin Michel, 2014). Il dirige la collection « Via Latina » aux Éditions Albin Michel et la série Philosophie des « Carnets » de L'Herne. Il co-dirige, avec Marc Guillaume, la collection « Dé-coïncidence » aux éditions Descartes & Cie.
