L’antibiorésistance et les infections opportunistes

D’un point de vue cli­nique, toutes les bac­té­ries res­pon­sables de patho­lo­gie ne se res­semblent pas. On dis­tingue les bac­té­ries patho­gènes, comme les sal­mo­nelles ou les shi­gelles, qui rendent tou­jours malade leur por­teur, des bac­té­ries oppor­tu­nistes, qui habitent notre tube diges­tif, notre peau ou nos fosses nasales et peuvent, à la faveur d’une plaie ou d’un affai­blis­se­ment du sys­tème immu­ni­taire, deve­nir infectieuses.

Pour illus­trer ces der­nières, on peut citer Esche­ri­chia coli, une bac­té­rie qui vit en par­faite sym­biose avec notre orga­nisme (com­men­sale). Cette espèce bac­té­rienne par­ti­cipe à l’homéostasie du tube diges­tif et pro­duit des vita­mines. L’homéostasie étant un pro­ces­sus de régu­la­tion par lequel l’organisme équi­libre ses dif­fé­rentes constantes inté­rieures. Mais cette espèce est éga­le­ment res­pon­sable de 25 % des infec­tions uri­naires. Géné­ra­le­ment sen­sible à tous les anti­bio­tiques, cette bac­té­rie est désor­mais résis­tante au trai­te­ment de réfé­rence des infec­tions uri­naires, les cépha­lo­spo­rines de 3^e géné­ra­tion, dans envi­ron 3 % des cas¹. Une bac­té­rie com­men­sale et bénigne de notre sys­tème diges­tif peut ain­si mena­cer d’infecter le rein faute de trai­te­ment efficace.

Contrai­re­ment à d’autres patho­lo­gies, ces com­pli­ca­tions n’apparaissent pas bru­ta­le­ment. On peut vivre avec une bac­té­rie résis­tante aux anti­bio­tiques pen­dant des années. Celle-ci reste silen­cieuse aus­si long­temps que le sys­tème immu­ni­taire et la pres­sion des autres bac­té­ries com­men­sales contrôlent sa place.

À l’occasion d’un stress, d’une période d’examen, d’une mala­die virale, le sys­tème immu­ni­taire peut s’affaiblir et une infec­tion bac­té­rienne sur­ve­nir. Par­mi les patients que nous soi­gnons, la majo­ri­té souffrent de can­cer, sont hos­pi­ta­li­sés dans un ser­vice de réani­ma­tion ou ont béné­fi­cié d’une greffe. Ces situa­tions d’infections oppor­tu­nistes sont désor­mais plus fré­quentes que celles liées à des espèces patho­gènes résistantes.

La pré­va­lence crois­sante des infec­tions dues à des bac­té­ries mul­ti­ré­sis­tantes aux anti­bio­tiques s’explique à la fois par la sur­con­som­ma­tion d’antibiotiques et leur mau­vais usage cli­nique, comme vété­ri­naire. Dans les éle­vages, ces trai­te­ments ont été uti­li­sés à la fois pour soi­gner les infec­tions et pour les pré­ve­nir. Ce der­nier cas faci­lite consi­dé­ra­ble­ment la crois­sance des ani­maux, ce qui a inci­té de nom­breux éle­veurs à ins­tau­rer une anti­bio­thé­ra­pie de crois­sance. Jusqu’en 1996, en France, des cochons étaient ain­si trai­tés pré­ven­ti­ve­ment avec des gly­co­pep­tides, une classe d’antibiotiques de der­nier recours pour le trai­te­ment des sta­phy­lo­coques. Cette pra­tique est inter­dite en Europe, mais elle per­siste aux États-Unis et par­ti­cipe à l’augmentation des résis­tances bac­té­riennes à l’échelle globale.

Mais la ques­tion de la pré­sence d’antibiotiques dans l’environnement ne se réduit pas aux pra­tiques d’élevage. Une étude récente a ain­si mon­tré que l’on trouve des médi­ca­ments dans toutes les rivières d’Europe². En relar­guant ain­si des molé­cules actives dans l’environnement, on favo­rise la sélec­tion de résis­tances par­mi les bac­té­ries du sol et donc leur pré­va­lence glo­bale. Par le biais de mains ou de légumes non lavés, ces bac­té­ries ren­contrent la flore com­men­sale du tube diges­tif. Elles peuvent s’échanger du maté­riel géné­tique. Les trai­te­ments anti­bio­tiques favo­ri­se­ront ensuite la dif­fu­sion des résis­tances ou leur apparition.

Ces médi­ca­ments doivent donc être pres­crits et pris conscien­cieu­se­ment. Ils s’inscrivent dans un contexte social et bio­lo­gique. En Inde, on achète des trai­te­ments selon ses moyens finan­ciers. Un patient riche pren­dra un anti­bio­tique à large spectre, c’est-à-dire sus­cep­tible de tuer plu­sieurs bac­té­ries, quand un patient pauvre devra se conten­ter de molé­cules effi­caces sur moins de bactéries.

En Europe, les options thé­ra­peu­tiques sont plus rai­son­nées. Encore faut-il prendre en compte les varia­tions d’efficacité d’un anti­bio­tique selon le tis­su. Il est aus­si essen­tiel de res­pec­ter les poso­lo­gies. Quand un patient prend un anti­bio­tique, l’amélioration rapide de ses symp­tômes peut l’encourager à arrê­ter le trai­te­ment pré­co­ce­ment. Mais ce n’est pas parce que les signes d’infection s’effacent que la bac­té­rie a dis­pa­ru. D’une manière géné­rale, un trai­te­ment impar­fait contri­bue à favo­ri­ser les résistances.

Nous sommes un labo­ra­toire asso­cié au Centre natio­nal de réfé­rence (CNR) pour les Enté­ro­bac­té­ries résis­tantes aux car­ba­pé­nèmes (ERC) depuis 10 ans. Les car­ba­pé­nèmes sont des anti­bio­tiques de der­niers recours uti­li­sés notam­ment dans les ser­vices de réani­ma­tion pour trai­ter des infec­tions graves. La résis­tance à ces molé­cules est une pré­oc­cu­pa­tion de san­té publique, car les trai­te­ments des infec­tions deviennent res­treints à l’utilisation de la colis­tine, der­nière molé­cule active, mais pré­sen­tant des effets secon­daires graves comme des atteintes irré­ver­sibles des fonc­tions rénales.

Lors de sa créa­tion, en 2012, le CNR obser­vait des souches de résis­tances aux car­ba­pé­nèmes essen­tiel­le­ment chez des voya­geurs, en par­ti­cu­lier ayant séjour­né au Magh­reb ou en Inde. Les per­sonnes qui voyagent dans ces pays ont deux chances sur trois d’acquérir une enté­ro­bac­té­rie résis­tante à un ou plu­sieurs anti­bio­tiques. Celle-ci n’est pas for­cé­ment patho­gène, mais à la faveur d’une immu­no­dé­pres­sion pas­sa­gère, elle peut pro­vo­quer une infec­tion dif­fi­cile à traiter.

Aujourd’hui, plus de 60 % des cas que nous pre­nons en charge sont autoch­tones, ils concernent des patients n’ayant jamais voya­gé hors d’Europe et qui ont donc acquis la résis­tance dans la com­mu­nau­té. L’ampleur du pro­blème est crois­sante et ne peut se résu­mer à une pro­blé­ma­tique de pays à faible revenu.

La pré­ven­tion de la dif­fu­sion de ces résis­tances est désor­mais un com­bat actif de la com­mu­nau­té médi­cale. Cer­tains hôpi­taux ont ain­si déve­lop­pé des poli­tiques actives de pres­crip­tion rai­son­née des anti­bio­tiques, en édi­tant des recom­man­da­tions d’usage de ces molé­cules par patho­lo­gie, avec l’appui d’infectiologues pour les cas par­ti­cu­liers. Mais en ville, des marges de pro­gres­sion per­sistent. La France reste un lea­der de la consom­ma­tion d’antibiotiques, le troi­sième plus gros consom­ma­teur en Europe. Le déve­lop­pe­ment de tests rapides pour dis­tin­guer les infec­tions virales des ori­gines bac­té­riennes, pour les angines en par­ti­cu­lier, est un levier pour réduire le mau­vais usage des antibiotiques.

Il s’agit de garan­tir, le plus long­temps pos­sible, l’efficacité des anti­bio­tiques dis­po­nibles. La recherche et le déve­lop­pe­ment de nou­velles solu­tions thé­ra­peu­tiques ne suf­fi­ront pas à enrayer la crise. De manière très sché­ma­tique, l’industrie phar­ma­ceu­tique a besoin de 20 ans pour déve­lop­per un nou­vel anti­bio­tique alors qu’il suf­fit de 24 heures à une bac­té­rie culti­vée en labo­ra­toire pour en deve­nir résis­tante. Le bon usage, aux bonnes doses et dans les bonnes indi­ca­tions per­met­tront de sau­ve­gar­der ces pré­cieuses molé­cules, en atten­dant de nou­velles thé­ra­pies, telles que la pha­go­thé­ra­pie, l’immunothérapie, ou les pep­tides anti­mi­cro­biens et bien sûr de nou­veaux anti­bio­tiques, plus efficaces.