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Comment la science se prépare pour la resistance aux antibiotiques ?

L’antibiorésistance et les infections opportunistes

Agnès Vernet, journaliste scientifique
Le 16 mars 2022 |
5 mins de lecture
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L’antibiorésistance et les infections opportunistes
Thierry Naas
Thierry Naas
professeur associé en microbiologie médicale à la faculté de médecine de l'Université Paris 11
En bref
  • La résistance aux antibiotiques constitue un problème majeur de santé publique, représentant en 2015, plus de 5 000 morts en France. Ce phénomène peut également toucher des bactéries bénignes, et provoquer des infections opportunistes.
  • Par exemple, la célèbre Escherichia coli, une bactérie bénigne de notre système digestif, peut désormais être résistante au traitement de référence des infections urinaires, dont elle en est la cause pour 25 % d’entre elles.
  • Cette résistance se développe par un contact régulier avec les antibiotiques. Les molécules actives dans l’environnement favorisent la sélection de résistances parmi les bactéries du sol et donc leur prévalence globale.
  • Un meilleur usage, comme une meilleure prescription des antibiotiques, permettrait de limiter cette habituation dont les bactéries font preuve.

D’un point de vue clin­ique, toutes les bac­téries respon­s­ables de patholo­gie ne se ressem­blent pas. On dis­tingue les bac­téries pathogènes, comme les sal­mo­nelles ou les shigelles, qui ren­dent tou­jours malade leur por­teur, des bac­téries oppor­tunistes, qui habitent notre tube diges­tif, notre peau ou nos fos­s­es nasales et peu­vent, à la faveur d’une plaie ou d’un affaib­lisse­ment du sys­tème immu­ni­taire, devenir infectieuses.

Opportunisme

Pour illus­tr­er ces dernières, on peut citer Escherichia coli, une bac­térie qui vit en par­faite sym­biose avec notre organ­isme (com­men­sale). Cette espèce bac­téri­enne par­ticipe à l’homéostasie du tube diges­tif et pro­duit des vit­a­mines. L’homéostasie étant un proces­sus de régu­la­tion par lequel l’organisme équili­bre ses dif­férentes con­stantes intérieures. Mais cette espèce est égale­ment respon­s­able de 25 % des infec­tions uri­naires. Générale­ment sen­si­ble à tous les antibi­o­tiques, cette bac­térie est désor­mais résis­tante au traite­ment de référence des infec­tions uri­naires, les céphalosporines de 3e généra­tion, dans env­i­ron 3 % des cas1. Une bac­térie com­men­sale et bénigne de notre sys­tème diges­tif peut ain­si men­ac­er d’infecter le rein faute de traite­ment efficace.

Con­traire­ment à d’autres patholo­gies, ces com­pli­ca­tions n’apparaissent pas bru­tale­ment. On peut vivre avec une bac­térie résis­tante aux antibi­o­tiques pen­dant des années. Celle-ci reste silen­cieuse aus­si longtemps que le sys­tème immu­ni­taire et la pres­sion des autres bac­téries com­men­sales con­trô­lent sa place.

À l’occasion d’un stress, d’une péri­ode d’examen, d’une mal­adie virale, le sys­tème immu­ni­taire peut s’affaiblir et une infec­tion bac­téri­enne sur­venir. Par­mi les patients que nous soignons, la majorité souf­frent de can­cer, sont hos­pi­tal­isés dans un ser­vice de réan­i­ma­tion ou ont béné­fi­cié d’une greffe. Ces sit­u­a­tions d’infections oppor­tunistes sont désor­mais plus fréquentes que celles liées à des espèces pathogènes résistantes.

La pré­va­lence crois­sante des infec­tions dues à des bac­téries mul­ti­ré­sis­tantes aux antibi­o­tiques s’explique à la fois par la sur­con­som­ma­tion d’antibiotiques et leur mau­vais usage clin­ique, comme vétéri­naire. Dans les éle­vages, ces traite­ments ont été util­isés à la fois pour soign­er les infec­tions et pour les prévenir. Ce dernier cas facilite con­sid­érable­ment la crois­sance des ani­maux, ce qui a incité de nom­breux éleveurs à instau­r­er une antibio­thérapie de crois­sance. Jusqu’en 1996, en France, des cochons étaient ain­si traités préven­tive­ment avec des gly­copep­tides, une classe d’antibiotiques de dernier recours pour le traite­ment des staphy­lo­co­ques. Cette pra­tique est inter­dite en Europe, mais elle per­siste aux États-Unis et par­ticipe à l’augmentation des résis­tances bac­téri­ennes à l’échelle globale.

Un problème mondial et global

Mais la ques­tion de la présence d’antibiotiques dans l’environnement ne se réduit pas aux pra­tiques d’élevage. Une étude récente a ain­si mon­tré que l’on trou­ve des médica­ments dans toutes les riv­ières d’Europe2. En relarguant ain­si des molécules actives dans l’environnement, on favorise la sélec­tion de résis­tances par­mi les bac­téries du sol et donc leur pré­va­lence glob­ale. Par le biais de mains ou de légumes non lavés, ces bac­téries ren­con­trent la flo­re com­men­sale du tube diges­tif. Elles peu­vent s’échanger du matériel géné­tique. Les traite­ments antibi­o­tiques favoris­eront ensuite la dif­fu­sion des résis­tances ou leur apparition.

Ces médica­ments doivent donc être pre­scrits et pris con­scien­cieuse­ment. Ils s’inscrivent dans un con­texte social et biologique. En Inde, on achète des traite­ments selon ses moyens financiers. Un patient riche pren­dra un antibi­o­tique à large spec­tre, c’est-à-dire sus­cep­ti­ble de tuer plusieurs bac­téries, quand un patient pau­vre devra se con­tenter de molécules effi­caces sur moins de bactéries.

En Europe, les options thérapeu­tiques sont plus raison­nées. Encore faut-il pren­dre en compte les vari­a­tions d’efficacité d’un antibi­o­tique selon le tis­su. Il est aus­si essen­tiel de respecter les posolo­gies. Quand un patient prend un antibi­o­tique, l’amélioration rapi­de de ses symp­tômes peut l’encourager à arrêter le traite­ment pré­co­ce­ment. Mais ce n’est pas parce que les signes d’infection s’effacent que la bac­térie a dis­paru. D’une manière générale, un traite­ment impar­fait con­tribue à favoris­er les résistances.

Des cas importés et autochtones

Nous sommes un lab­o­ra­toire asso­cié au Cen­tre nation­al de référence (CNR) pour les Entérobac­téries résis­tantes aux car­bapénèmes (ERC) depuis 10 ans. Les car­bapénèmes sont des antibi­o­tiques de derniers recours util­isés notam­ment dans les ser­vices de réan­i­ma­tion pour traiter des infec­tions graves. La résis­tance à ces molécules est une préoc­cu­pa­tion de san­té publique, car les traite­ments des infec­tions devi­en­nent restreints à l’utilisation de la col­is­tine, dernière molécule active, mais présen­tant des effets sec­ondaires graves comme des atteintes irréversibles des fonc­tions rénales.

Lors de sa créa­tion, en 2012, le CNR obser­vait des souch­es de résis­tances aux car­bapénèmes essen­tielle­ment chez des voyageurs, en par­ti­c­uli­er ayant séjourné au Maghreb ou en Inde. Les per­son­nes qui voy­a­gent dans ces pays ont deux chances sur trois d’acquérir une entérobac­térie résis­tante à un ou plusieurs antibi­o­tiques. Celle-ci n’est pas for­cé­ment pathogène, mais à la faveur d’une immun­odé­pres­sion pas­sagère, elle peut provo­quer une infec­tion dif­fi­cile à traiter.

Aujourd’hui, plus de 60 % des cas que nous prenons en charge sont autochtones, ils con­cer­nent des patients n’ayant jamais voy­agé hors d’Europe et qui ont donc acquis la résis­tance dans la com­mu­nauté. L’ampleur du prob­lème est crois­sante et ne peut se résumer à une prob­lé­ma­tique de pays à faible revenu.

En ville comme à l’hôpital

La préven­tion de la dif­fu­sion de ces résis­tances est désor­mais un com­bat act­if de la com­mu­nauté médi­cale. Cer­tains hôpi­taux ont ain­si dévelop­pé des poli­tiques actives de pre­scrip­tion raison­née des antibi­o­tiques, en édi­tant des recom­man­da­tions d’usage de ces molécules par patholo­gie, avec l’appui d’infectiologues pour les cas par­ti­c­uliers. Mais en ville, des marges de pro­gres­sion per­sis­tent. La France reste un leader de la con­som­ma­tion d’antibiotiques, le troisième plus gros con­som­ma­teur en Europe. Le développe­ment de tests rapi­des pour dis­tinguer les infec­tions virales des orig­ines bac­téri­ennes, pour les angines en par­ti­c­uli­er, est un levi­er pour réduire le mau­vais usage des antibiotiques.

Il s’agit de garan­tir, le plus longtemps pos­si­ble, l’efficacité des antibi­o­tiques disponibles. La recherche et le développe­ment de nou­velles solu­tions thérapeu­tiques ne suf­firont pas à enray­er la crise. De manière très sché­ma­tique, l’industrie phar­ma­ceu­tique a besoin de 20 ans pour dévelop­per un nou­v­el antibi­o­tique alors qu’il suf­fit de 24 heures à une bac­térie cul­tivée en lab­o­ra­toire pour en devenir résis­tante. Le bon usage, aux bonnes dos­es et dans les bonnes indi­ca­tions per­me­t­tront de sauve­g­arder ces pré­cieuses molécules, en atten­dant de nou­velles thérapies, telles que la phagothérapie, l’immunothérapie, ou les pep­tides antimi­cro­bi­ens et bien sûr de nou­veaux antibi­o­tiques, plus efficaces.

1https://​www​.san​tepubliq​ue​france​.fr/​m​a​l​a​d​i​e​s​-​e​t​-​t​r​a​u​m​a​t​i​s​m​e​s​/​i​n​f​e​c​t​i​o​n​s​-​a​s​s​o​c​i​e​e​s​-​a​u​x​-​s​o​i​n​s​-​e​t​-​r​e​s​i​s​t​a​n​c​e​-​a​u​x​-​a​n​t​i​b​i​o​t​i​q​u​e​s​/​r​e​s​i​s​t​a​n​c​e​-​a​u​x​-​a​n​t​i​b​i​o​t​i​q​u​e​s​/​d​o​n​nees/
2https://​www​.pnas​.org/​c​o​n​t​e​n​t​/​1​1​9​/​8​/​e​2​1​1​3​9​47119