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Close-up medical syringe with a vaccine.
π Santé et biotech

« Pas de vie normale sans vaccination massive »

Arnaud Fontanet
Arnaud Fontanet
directeur du département de santé globale de l’Institut Pasteur

Que peut-on atten­dre de l’évolution de l’épidémie dans les prochains mois ?

Jusqu’à fin décem­bre 2020, on s’attendait à ce que le pre­mier trimestre 2021 soit dif­fi­cile en rai­son de la péri­ode hiver­nale qui favorise la cir­cu­la­tion des virus res­pi­ra­toires, des rassem­ble­ment liés aux fêtes de fin d’an­née, et en rai­son de la faible immu­nité pop­u­la­tion­nelle. En France, 12% de la pop­u­la­tion a été infec­tée alors qu’il faudrait plus de 50% de per­son­nes immu­nisées par vac­ci­na­tion ou par infec­tion naturelle pour que le virus arrête de cir­culer de façon épidémique. 

L’idée générale était néan­moins qu’avec l’arrivée des beaux jours au print­emps, et avec la vac­ci­na­tion des plus frag­iles, un retour pro­gres­sif à une vie plus nor­male serait envis­age­able. La donne a changé depuis l’apparition du VOC au Roy­aume-Uni. C’est un vari­ant du SARS-CoV­‑2 dont la trans­mis­si­bil­ité est supérieure de 50% à celle du virus habituel. Mal­gré les mesures en place au Roy­aume Uni, le nom­bre de cas a rapi­de­ment aug­men­té en décem­bre 2020 et les ser­vices hos­pi­tal­iers ont été sat­urés, oblig­eant le gou­verne­ment à impos­er un con­fine­ment strict début jan­vi­er 2021. Le même scé­nario a été observé en Irlande. 

Le VOC est plus trans­mis­si­ble, mais il ne sem­ble pas plus pathogène. Les pre­mières études sug­gèrent que les per­son­nes infec­tées l’année dernière, ou vac­cinées, seraient pro­tégées de la même façon con­tre ce vari­ant. Son émer­gence pour­rait être due à une accu­mu­la­tion de muta­tions lors d’une infec­tion chronique chez des patients avec un déficit immu­ni­taire sévère, ou à un échappe­ment immu­ni­taire lorsque le virus est soumis à une pres­sion sélec­tive forte dans des zones à haute trans­mis­sion. C’est peut-être ce qui s’est passé en Afrique du Sud et au Brésil où deux autres vari­ants ont émergé. Ces deux vari­ants sont plus inquié­tants, car non seule­ment ils sem­blent plus trans­mis­si­bles, mais ils échap­pent à la réponse immu­ni­taire induite par une infec­tion passée ou les vac­cins actuelle­ment utilisés.

La pro­por­tion de VOC par­mi les cas en France a été estimée à 3,3% le 8 jan­vi­er. Avec une aug­men­ta­tion de 50% par semaine, on peut s’attendre à ce que le VOC soit devenu majori­taire fin févri­er – début mars. Il fau­dra donc d’ici là pren­dre des mesures énergiques pour frein­er sa pro­gres­sion, et entamer une course con­tre la mon­tre pour vac­cin­er les plus frag­iles. La vac­ci­na­tion ciblera d’abord les plus de 75 ans comme pop­u­la­tion pri­or­i­taire, aux côtés des soignants. Au deux­ième trimestre, la vac­ci­na­tion sera élargie à l’ensemble des per­son­nes à risque de forme grave : les plus de 50 ans et les per­son­nes atteintes de comor­bid­ité. Puis l’ensemble de la pop­u­la­tion pour­ra être vac­ciné en deux­ième par­tie d’année.

A quelle date le niveau d’immunité col­lec­tive sus­cep­ti­ble de stop­per la cir­cu­la­tion du virus sera-t-il atteint ?

Il y a des prob­lé­ma­tiques liées aux vac­cins : une capac­ité de pro­duc­tion incer­taine, une demande forte et un niveau d’ac­cept­abil­ité du vac­cin mod­éré en France. En décem­bre dernier, une bonne moitié des Français ne voulait pas être vac­cinée. Il fau­dra réé­val­uer ce chiffre une fois que l’on aura démon­tré que la vac­ci­na­tion est bien tolérée. Sans vac­ci­na­tion très large, il n’y aura pas de retour à une vie sociale et économique normale.

En décem­bre dernier, une bonne moitié des Français ne voulait pas être vaccinée.

Les habi­tudes san­i­taires pris­es par la pop­u­la­tion dimin­u­ent-elles la cir­cu­la­tion des autres mal­adies ou, au con­traire, faut-il s’attendre à une recrude­s­cence des agents pathogènes en rai­son de l’accroissement de la prox­im­ité homme-animal ?

Du fait des mesures d’hygiène, on observe une diminu­tion de la cir­cu­la­tion du virus de la grippe, du virus res­pi­ra­toire syn­cy­tial, et un recul des virus respon­s­ables de gas­troen­térite. L’ab­sence de grippe cette année peut se traduire l’année prochaine par une épidémie plus sévère, car l’immunité pop­u­la­tion­nelle n’aura pas été « re-boost­ée » cet hiv­er comme c’est le cas habituelle­ment. De façon générale, les nou­velles habi­tudes d’hygiène seront béné­fiques sur le long terme pour les populations.

Pour ce qui con­cerne l’émergence et la dif­fu­sion de nou­veaux virus, celles-ci sont liées à deux phénomènes : le fran­chisse­ment de la bar­rière d’espèce avec le pas­sage d’un nou­v­el agent infec­tieux de l’an­i­mal à l’homme puis la dif­fu­sion sous forme épidémique. Dès lors, tous les fac­teurs favorisant l’in­ten­sité des con­tacts ani­mal-homme, ain­si que la den­sité et la mobil­ité des pop­u­la­tions, sont de nature à accroître le nom­bre d’épidémies. De ce point de vue, les grands éle­vages de volaille ou de porcins sont des lieux d’in­cu­ba­tion de nou­veaux virus grip­paux qui font porter une men­ace sur les humains. 

Il faut ajouter à cela, en par­tie à cause du réchauf­fe­ment cli­ma­tique, l’augmentation de la den­sité des vecteurs que sont les mous­tiques. Par­mi ces mous­tiques, Aedes egyp­tii est le vecteur effi­cace de trans­mis­sion d’arbovirus comme la fièvre jaune, la dengue, le chikun­gun­ya ou le zika. En zone tem­pérée, son cousin, Aedes albopic­tus, con­nu sous le nom de mous­tique tigre est main­tenant bien instal­lé dans le Sud de la France et a été respon­s­able de trans­mis­sions sur le sol français de dengue, chikun­gun­ya et zika à par­tir de cas importés. 

La pandémie de SARS Cov‑2 a pris de court le monde entier. Com­ment se pré­par­er à l’apparition de nou­veaux virus ?

On a tou­jours été pris par sur­prise par les émer­gences virales. Elles ont sou­vent lieu à des endroits inat­ten­dus. Je pense par exem­ple au virus de la grippe H1N1 dont l’épidémie a démar­ré au Mex­ique (2009) alors que les grippes arrivent d’habitude de Chine. Je pense au coro­n­avirus du MERS qui s’est révélé dans les pays du Golfe avec comme réser­voir les dro­madaires. Je pense à l’épidémie d’Ebola en Afrique de l’Ouest en 2013 et 2014 alors que ces épidémies sont habituelle­ment local­isées en Afrique cen­trale et enfin au Zika, dont le virus est par­ti d’Asie du sud-est vers le Paci­fique puis s’est répan­du en Amérique latine entre 2013 et 2015.

Tout ceci pour dire que notre inca­pac­ité à prédire l’émer­gence de nou­veaux virus nous oblige à met­tre en place un sys­tème de sur­veil­lance extrême­ment réac­t­if pour être capa­ble d’investiguer au plus vite un foy­er épidémique nais­sant. Il est regret­table que les mesures très énergiques pris­es en Chine con­tre le SARS CoV‑2 à Wuhan aient été retardées d’un mois quand on voit que la Chine a été capa­ble par la suite d’élim­in­er le virus de son ter­ri­toire. A l’avenir, il fau­dra agir de manière préven­tive en instal­lant une sur­veil­lance étroite de la cir­cu­la­tion des agents infec­tieux dans le monde ani­mal, et en lim­i­tant les con­tacts ani­mal-homme dans les con­textes où l’émergence de nou­veaux agents est à crain­dre. Il s’agit par exem­ple de la chas­se aux ani­maux sauvages ou de l’él­e­vage indus­triel des volailles et des porcins.

Propos recueillis par Clément Boulle

Auteurs

Arnaud Fontanet

Arnaud Fontanet

directeur du département de santé globale de l’Institut Pasteur

Professeur à l’Institut Pasteur et au Conservatoire national des arts et métiers, Arnaud Fontanet est docteur en médecine (Paris V) et en santé publique (Harvard), il est spécialisé en épidémiologie des maladies infectieuses et tropicales. Depuis janvier 2002, il dirige l’Unité d’épidémiologie des maladies émergentes à l’Institut Pasteur de Paris. Il est également directeur de l’école Pasteur-CNAM de santé publique, et directeur du département de santé globale de l’Institut Pasteur. En 2018-9, il a été le premier titulaire de la chaire de santé publique nouvellement créée au Collège de France. Depuis mars 2020, il est membre du conseil scientifique Covid-19 auprès du gouvernement français.