Zoonoses : les maladies passant de l’animal à l’homme ont triplé en un siècle

Alors que les effets du Covid-19 sont encore pré­sents par­tout dans le monde, le moment semble oppor­tun pour se pen­cher sur la pré­ven­tion des futures pan­dé­mies. Pas moins de 75 % des mala­dies infec­tieuses tou­chant l’être humain sont d’origine ani­male. À ce titre, l’approche de One Health s’est retrou­vée sous le feu des projecteurs.

C’est à l’occasion du Forum de Paris sur la paix, en novembre 2020, qu’a été lan­cé ce conseil d’experts de haut niveau,destiné à inté­grer au sein d’une même struc­ture les sys­tèmes de san­té humains, ani­maux et envi­ron­ne­men­taux. Signe de cette évo­lu­tion vers une approche glo­bale, Thier­ry Lefran­çois, direc­teur du dépar­te­ment des Sys­tèmes bio­lo­giques du Cirad, est éga­le­ment le pre­mier vété­ri­naire à rejoindre le Conseil scien­ti­fique Covid-19.

Le concept de One Health repose sur l’espoir que les cher­cheurs pour­ront iden­ti­fier le plus rapi­de­ment pos­sible les mala­dies émer­gentes sus­cep­tibles de se trans­mettre de l’animal à l’homme. Pour­quoi est-il essen­tiel de mettre l’accent sur les pro­blèmes environnementaux ?

75 % des mala­dies infec­tieuses affec­tant les humains sont d’origine ani­male, et sont dues à des micro-orga­nismes (virus, bac­té­ries ou para­sites) capables d’infecter aus­si bien les hommes que les ani­maux. Par­mi les mala­dies asso­ciées, aus­si connues sous le nom de « zoo­noses », citons Ebo­la, dont on soup­çonne les chauves-sou­ris d’être le vec­teur, la grippe aviaire chez les oiseaux domes­tiques et sau­vages, la rage chez le chien et, bien sûr, le SARS-CoV‑2 (Covid-19). Même si l’on sup­pose qu’il est d’abord venu de la chauve-sou­ris, on ignore quelles espèces ont per­mis sa trans­mis­sion à l’homme (pan­go­lin, vison, etc.). Les zoo­noses sur­viennent à la suite d’une série de pro­ces­sus lar­ge­ment liés à la proxi­mi­té entre les dif­fé­rentes espèces.

Notons que tout cela n’a rien de nou­veau : cela fait des années que la com­mu­nau­té scien­ti­fique alerte sur le dan­ger repré­sen­té par les zoo­noses. Entre 1940 et 2000, la trans­mis­sion des mala­dies de l’animal à l’homme a plus que tri­plé. Les rai­sons en sont simples : les virus se pro­pagent bien plus faci­le­ment par­mi les ani­maux éle­vés dans des milieux denses et par­fois insa­lubres (éle­vages inten­sifs, notam­ment), comme en témoigne la pro­pa­ga­tion du Covid-19 chez les visons. En outre, la des­truc­tion des habi­tats due à la défo­res­ta­tion ou au rem­pla­ce­ment de zones natu­relles par des zones agri­coles ou urbaines rap­proche le bétail, les ani­maux domes­tiques et les hommes de la faune sau­vage, favo­ri­sant alors la pro­pa­ga­tion des mala­dies entre espèces. Le risque de mala­dies infec­tieuses est ain­si lar­ge­ment influen­cé par les éco­sys­tèmes, les fac­teurs cli­ma­tiques, les pra­tiques agri­coles et autres causes socio-économiques.

Serons-nous bien­tôt capables de pré­voir les pandémies ?

Il est extrê­me­ment dif­fi­cile de pré­voir quelles zoo­noses vont se trans­mettre d’une espèce à l’autre, comme le montrent les expé­riences pas­sées. En revanche, le déve­lop­pe­ment de nou­velles tech­no­lo­gies sus­cep­tibles de nous aider à détec­ter le lieu et la période où de nou­velles épi­dé­mies appa­raissent, en repé­rant les zones où la pro­pa­ga­tion de la mala­die devient pro­blé­ma­tique. Cela va nous per­mettre d’identifier les agents patho­gènes en cir­cu­la­tion qui risquent de deve­nir pandémiques.

Le pro­jet euro­péen MOOD¹, coor­don­né par le Cirad, consiste à étu­dier la façon dont nous pou­vons uti­li­ser l’intelligence arti­fi­cielle (IA) pour détec­ter les pan­dé­mies le plus vite pos­sible. Au lieu d’examiner les tra­di­tion­nelles mesures épi­dé­mio­lo­giques, qui néces­sitent des échan­tillons et des tests bio­lo­giques, l’IA ana­lyse les don­nées tex­tuelles dis­po­nibles sur Inter­net, comme les mes­sages sur les réseaux sociaux. Cette ana­lyse per­met de dépis­ter une épi­dé­mie très tôt. Nous pou­vons recher­cher des termes rela­ti­ve­ment fami­liers comme « grippe por­cine » ou « fièvre » et com­pa­rer leurs occur­rences pour repé­rer l’éventuelle appa­ri­tion de clus­ters.

Il est éga­le­ment pos­sible d’effectuer une « sur­veillance syn­dro­mique » grâce à la recherche ciblée par mots-clés sur Google, ou des ten­dances dans les ventes de pro­duits phar­ma­ceu­tiques — le but étant ici moins ici la pré­ven­tion que la détec­tion de pan­dé­mies émer­gentes aus­si rapi­de­ment que pos­sible en pro­fi­tant de la mon­tagne d’informations dis­po­nibles en ligne. Des expé­riences ont été menées avec cette tech­no­lo­gie pour étu­dier l’arrivée de la grippe aviaire, et elles ont don­né des résul­tats posi­tifs, qui montrent que l’on aurait pu agir plus vite si l’on avait dis­po­sé de cette méthode à l’époque.

L’anticipation est cru­ciale, mais qu’en est-il de la prévention ?

Elle est extrê­me­ment impor­tante, car, en s’intéressant aux sys­tèmes socio­cul­tu­rels, elle per­met d’éviter l’émergence et de pré­ve­nir la cir­cu­la­tion d’agents patho­gènes chez les ani­maux. Nous sui­vons de près un cer­tain nombre de mala­dies dans le monde, dont la grippe por­cine afri­caine, la rage ou le Nipah (une infec­tion pré­sente chez les chauves-sou­ris en Asie du Sud-Est). Des études ont révé­lé que ces efforts devraient être payants : inves­tir dans la pré­ven­tion revient cent fois moins cher qu’une pan­dé­mie².

Il n’est pas utile, pour y par­ve­nir, de cibler des ani­maux par­ti­cu­liers, dans la mesure où la trans­mis­sion varie selon les espèces. Mieux vaut trou­ver un moyen de pré­ve­nir les fac­teurs qui favo­risent la trans­mis­sion, et qui semblent fluc­tuer selon leur loca­li­sa­tion. C’est ain­si que nous avons pu iden­ti­fier des zones à haut risque aux­quelles nous por­tons par­ti­cu­liè­re­ment atten­tion, comme le Mexique, le Zim­babwe ou le Viet­nam. Dans un monde idéal, le déve­lop­pe­ment urbain et agri­cole tien­drait compte de la bio­di­ver­si­té. Quand on agran­dit une ville, pour­rait-on créer des che­mins pour que la nature puisse la tra­ver­ser ? Y aura-t-il des ani­maux domes­tiques ou du bétail ? S’agira-t-il d’une zone d’agriculture inten­sive ? Répondre à ces ques­tions aide­rait à ana­ly­ser les risques et à prendre en consi­dé­ra­tion la san­té envi­ron­ne­men­tale, au même titre que le bien-être humain et animal.

Le concept de One Health est issu d’une col­la­bo­ra­tion inter­na­tio­nale. À quel genre de coopé­ra­tion assistons-nous ?

De façon géné­rale, ce sont des ins­ti­tu­tions dis­tinctes qui gèrent au sein des États la san­té, l’environnement et l’agriculture. Avec One Health, nous pro­po­sons une approche inté­grée au plus haut niveau. Le mois der­nier, l’appel à experts a été clô­tu­ré, et le conseil inter­na­tio­nal sélec­tion­né a réuni ce mois-ci une ving­taine de spé­cia­listes pour tra­vailler de concert et appor­ter une exper­tise mul­ti­dis­ci­pli­naire aux orga­ni­sa­tions inter­na­tio­nales concer­nées par les pro­blé­ma­tiques que trai­te­ra One Health (OMS, Orga­ni­sa­tion mon­diale de la san­té ani­male, Orga­ni­sa­tion des Nations unies pour l’alimentation et l’agriculture, Pro­gramme des Nations unies pour l’environnement).

Ce n’est tou­te­fois pas sur la coopé­ra­tion au plus haut niveau que doit se concen­trer notre atten­tion. L’initiative One Health doit bien sûr être prise au sérieux par les États, mais le tra­vail sur le ter­rain est tout aus­si impor­tant. Afin d’être sûrs d’étudier les bons indi­ca­teurs, nous devons être atten­tifs à ce qui se passe in situ. Ce n’est pas seule­ment le tra­vail des cher­cheurs, mais aus­si celui des agri­cul­teurs, des parcs natio­naux, des ser­vices publics, etc.

Il faut donc agir à l’échelle du ter­ri­toire, « pen­ser glo­bal, agir local. » Pri­vi­lé­gier le « par­tage des terres » plu­tôt que la pro­tec­tion de zones sous la forme de parcs natu­rels, dans la mesure où la nature ne fait pas la dif­fé­rence entre un parc natio­nal et une zone occu­pée par l’homme. Fusion­ner les deux serait donc une façon intel­li­gente de pré­ser­ver la bio­di­ver­si­té. Lors du Som­met de la pla­nète qui s’est tenu en France le 11 jan­vier 2021, le pré­sident Macron a lan­cé l’initiative PREZODE afin de « réduire les risques d’émergence et garan­tir la per­ti­nence des sys­tèmes de sur­veillance et de détec­tion pré­coce aux niveaux local, régio­nal et mon­dial³⁴ ». C’est une ini­tia­tive inter­na­tio­nale très ambi­tieuse, sou­te­nue poli­ti­que­ment dans les plus hautes sphères de l’État et finan­cée par les minis­tères de la Recherche, de l’Europe et des Affaires étran­gères. Et, à l’avenir, par un grand nombre d’autres pays, fon­da­tions et orga­ni­sa­tions à tra­vers le monde ; avec plus d’un mil­lier de scien­ti­fiques ori­gi­naires d’une cin­quan­taine de pays, les choses avancent.