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Alimentation, maladies, biodiversité : notre rapport aux animaux doit-il évoluer ?

Zoonoses : les maladies passant de l’animal à l’homme ont triplé en un siècle

James Bowers, Rédacteur en chef de Polytechnique Insights
Le 15 décembre 2021 |
5 mins de lecture
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Zoonoses : les maladies passant de l’animal à l’homme ont triplé en un siècle
Thierry LeFrancois
Thierry Lefrançois
directeur de département au Cirad et membre du Conseil scientifique français sur le Covid-19
En bref
  • La crise sanitaire a accéléré le mouvement « One Health » qui a pour but de réunir la santé humaine, la santé animale et l’environnement.
  • Aujourd’hui, 75 % des maladies infectieuses affectant les humains sont d’origine animale. Appelées les « zoonoses », elles sont dues aux micro-organismes (virus, bactéries ou parasites) capables d’infecter aussi bien les humains que les animaux.
  • Les activités humaines telles que la déforestation, l’élevage intensif et l’urbanisation ont pour effet de rapprocher les animaux domestiques des animaux sauvages, ce qui peut favoriser l’apparition de zoonoses.
  • Le développement de nouvelles technologies, susceptibles de nous aider à détecter le lieu et la période où de nouvelles épidémies apparaissent, peut nous permettre d’identifier les agents pathogènes en circulation qui risquent de devenir pandémiques.

Alors que les effets du Covid-19 sont encore présents partout dans le monde, le moment sem­ble oppor­tun pour se pencher sur la préven­tion des futures pandémies. Pas moins de 75 % des mal­adies infec­tieuses touchant l’être humain sont d’origine ani­male. À ce titre, l’approche de One Health s’est retrou­vée sous le feu des projecteurs.

C’est à l’occasion du Forum de Paris sur la paix, en novem­bre 2020, qu’a été lancé ce con­seil d’experts de haut niveau,destiné à inté­gr­er au sein d’une même struc­ture les sys­tèmes de san­té humains, ani­maux et envi­ron­nemen­taux. Signe de cette évo­lu­tion vers une approche glob­ale, Thier­ry Lefrançois, directeur du départe­ment des Sys­tèmes biologiques du Cirad, est égale­ment le pre­mier vétéri­naire à rejoin­dre le Con­seil sci­en­tifique Covid-19.

Le con­cept de One Health repose sur l’espoir que les chercheurs pour­ront iden­ti­fi­er le plus rapi­de­ment pos­si­ble les mal­adies émer­gentes sus­cep­ti­bles de se trans­met­tre de l’animal à l’homme. Pourquoi est-il essen­tiel de met­tre l’accent sur les prob­lèmes environnementaux ?

75 % des mal­adies infec­tieuses affec­tant les humains sont d’origine ani­male, et sont dues à des micro-organ­ismes (virus, bac­téries ou par­a­sites) capa­bles d’infecter aus­si bien les hommes que les ani­maux. Par­mi les mal­adies asso­ciées, aus­si con­nues sous le nom de « zoonoses », citons Ebo­la, dont on soupçonne les chauves-souris d’être le vecteur, la grippe avi­aire chez les oiseaux domes­tiques et sauvages, la rage chez le chien et, bien sûr, le SARS-CoV­‑2 (Covid-19). Même si l’on sup­pose qu’il est d’abord venu de la chauve-souris, on ignore quelles espèces ont per­mis sa trans­mis­sion à l’homme (pan­golin, vison, etc.). Les zoonoses survi­en­nent à la suite d’une série de proces­sus large­ment liés à la prox­im­ité entre les dif­férentes espèces.

Notons que tout cela n’a rien de nou­veau : cela fait des années que la com­mu­nauté sci­en­tifique alerte sur le dan­ger représen­té par les zoonoses. Entre 1940 et 2000, la trans­mis­sion des mal­adies de l’animal à l’homme a plus que triplé. Les raisons en sont sim­ples : les virus se propa­gent bien plus facile­ment par­mi les ani­maux élevés dans des milieux dens­es et par­fois insalu­bres (éle­vages inten­sifs, notam­ment), comme en témoigne la prop­a­ga­tion du Covid-19 chez les visons. En out­re, la destruc­tion des habi­tats due à la déforesta­tion ou au rem­place­ment de zones naturelles par des zones agri­coles ou urbaines rap­proche le bétail, les ani­maux domes­tiques et les hommes de la faune sauvage, favorisant alors la prop­a­ga­tion des mal­adies entre espèces. Le risque de mal­adies infec­tieuses est ain­si large­ment influ­encé par les écosys­tèmes, les fac­teurs cli­ma­tiques, les pra­tiques agri­coles et autres caus­es socio-économiques.

Serons-nous bien­tôt capa­bles de prévoir les pandémies ?

Il est extrême­ment dif­fi­cile de prévoir quelles zoonoses vont se trans­met­tre d’une espèce à l’autre, comme le mon­trent les expéri­ences passées. En revanche, le développe­ment de nou­velles tech­nolo­gies sus­cep­ti­bles de nous aider à détecter le lieu et la péri­ode où de nou­velles épidémies appa­rais­sent, en repérant les zones où la prop­a­ga­tion de la mal­adie devient prob­lé­ma­tique. Cela va nous per­me­t­tre d’identifier les agents pathogènes en cir­cu­la­tion qui risquent de devenir pandémiques.

Le pro­jet européen MOOD1, coor­don­né par le Cirad, con­siste à étudi­er la façon dont nous pou­vons utilis­er l’intelligence arti­fi­cielle (IA) pour détecter les pandémies le plus vite pos­si­ble. Au lieu d’examiner les tra­di­tion­nelles mesures épidémi­ologiques, qui néces­si­tent des échan­til­lons et des tests biologiques, l’IA analyse les don­nées textuelles disponibles sur Inter­net, comme les mes­sages sur les réseaux soci­aux. Cette analyse per­met de dépis­ter une épidémie très tôt. Nous pou­vons rechercher des ter­mes rel­a­tive­ment fam­i­liers comme « grippe porcine » ou « fièvre » et com­par­er leurs occur­rences pour repér­er l’éventuelle appari­tion de clus­ters.

Il est égale­ment pos­si­ble d’effectuer une « sur­veil­lance syn­dromique » grâce à la recherche ciblée par mots-clés sur Google, ou des ten­dances dans les ventes de pro­duits phar­ma­ceu­tiques — le but étant ici moins ici la préven­tion que la détec­tion de pandémies émer­gentes aus­si rapi­de­ment que pos­si­ble en prof­i­tant de la mon­tagne d’informations disponibles en ligne. Des expéri­ences ont été menées avec cette tech­nolo­gie pour étudi­er l’arrivée de la grippe avi­aire, et elles ont don­né des résul­tats posi­tifs, qui mon­trent que l’on aurait pu agir plus vite si l’on avait dis­posé de cette méth­ode à l’époque.

L’anticipation est cru­ciale, mais qu’en est-il de la prévention ?

Elle est extrême­ment impor­tante, car, en s’intéressant aux sys­tèmes socio­cul­turels, elle per­met d’éviter l’émergence et de prévenir la cir­cu­la­tion d’agents pathogènes chez les ani­maux. Nous suiv­ons de près un cer­tain nom­bre de mal­adies dans le monde, dont la grippe porcine africaine, la rage ou le Nipah (une infec­tion présente chez les chauves-souris en Asie du Sud-Est). Des études ont révélé que ces efforts devraient être payants : inve­stir dans la préven­tion revient cent fois moins cher qu’une pandémie2.

Il n’est pas utile, pour y par­venir, de cibler des ani­maux par­ti­c­uliers, dans la mesure où la trans­mis­sion varie selon les espèces. Mieux vaut trou­ver un moyen de prévenir les fac­teurs qui favorisent la trans­mis­sion, et qui sem­blent fluctuer selon leur local­i­sa­tion. C’est ain­si que nous avons pu iden­ti­fi­er des zones à haut risque aux­quelles nous por­tons par­ti­c­ulière­ment atten­tion, comme le Mex­ique, le Zim­bab­we ou le Viet­nam. Dans un monde idéal, le développe­ment urbain et agri­cole tiendrait compte de la bio­di­ver­sité. Quand on agrandit une ville, pour­rait-on créer des chemins pour que la nature puisse la tra­vers­er ? Y aura-t-il des ani­maux domes­tiques ou du bétail ? S’agira-t-il d’une zone d’agriculture inten­sive ? Répon­dre à ces ques­tions aiderait à analyser les risques et à pren­dre en con­sid­éra­tion la san­té envi­ron­nemen­tale, au même titre que le bien-être humain et animal.

Le con­cept de One Health est issu d’une col­lab­o­ra­tion inter­na­tionale. À quel genre de coopéra­tion assistons-nous ?

De façon générale, ce sont des insti­tu­tions dis­tinctes qui gèrent au sein des États la san­té, l’environnement et l’agriculture. Avec One Health, nous pro­posons une approche inté­grée au plus haut niveau. Le mois dernier, l’appel à experts a été clô­turé, et le con­seil inter­na­tion­al sélec­tion­né a réu­ni ce mois-ci une ving­taine de spé­cial­istes pour tra­vailler de con­cert et apporter une exper­tise mul­ti­dis­ci­plinaire aux organ­i­sa­tions inter­na­tionales con­cernées par les prob­lé­ma­tiques que trait­era One Health (OMS, Organ­i­sa­tion mon­di­ale de la san­té ani­male, Organ­i­sa­tion des Nations unies pour l’alimentation et l’agriculture, Pro­gramme des Nations unies pour l’environnement).

Ce n’est toute­fois pas sur la coopéra­tion au plus haut niveau que doit se con­cen­tr­er notre atten­tion. L’initiative One Health doit bien sûr être prise au sérieux par les États, mais le tra­vail sur le ter­rain est tout aus­si impor­tant. Afin d’être sûrs d’étudier les bons indi­ca­teurs, nous devons être atten­tifs à ce qui se passe in situ. Ce n’est pas seule­ment le tra­vail des chercheurs, mais aus­si celui des agricul­teurs, des parcs nationaux, des ser­vices publics, etc.

Il faut donc agir à l’échelle du ter­ri­toire, « penser glob­al, agir local. » Priv­ilégi­er le « partage des ter­res » plutôt que la pro­tec­tion de zones sous la forme de parcs naturels, dans la mesure où la nature ne fait pas la dif­férence entre un parc nation­al et une zone occupée par l’homme. Fusion­ner les deux serait donc une façon intel­li­gente de préserv­er la bio­di­ver­sité. Lors du Som­met de la planète qui s’est tenu en France le 11 jan­vi­er 2021, le prési­dent Macron a lancé l’initiative PREZODE afin de « réduire les risques d’émergence et garan­tir la per­ti­nence des sys­tèmes de sur­veil­lance et de détec­tion pré­coce aux niveaux local, région­al et mon­di­al34 ». C’est une ini­tia­tive inter­na­tionale très ambitieuse, soutenue poli­tique­ment dans les plus hautes sphères de l’État et financée par les min­istères de la Recherche, de l’Europe et des Affaires étrangères. Et, à l’avenir, par un grand nom­bre d’autres pays, fon­da­tions et organ­i­sa­tions à tra­vers le monde ; avec plus d’un mil­li­er de sci­en­tifiques orig­i­naires d’une cinquan­taine de pays, les choses avancent.

1https ://mood-h2020.eu/
2Smith KF, Gold­berg M, Rosen­thal S, Carl­son L, Chen J, Chen C, Ramachan­dran S., 2014, Glob­al Rise in Human Infec­tious Dis­ease Out­breaks. J. R. Soc. Inter­face 11: 20140950. http ://dx.doi.org/10.1098/rsif.2014.0950
3https ://prezode.org/The-initiative
4https ://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736 (21) 00265–8/fulltext